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Para desarrollar su labor la Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo (FCN) cuenta con distintas dependencias e institutos entre los que se destacan por la importancia de la labor que llevan a cabo:
Reserva Experimental de Horco Molle (REHM): Ocupa un predio de 200 has y tiene el carácter de área protegida. En ella además de realizar parte de las prácticas necesarias para la formación de los futuros Biólogos, se realiza una importante tarea didáctica con los alumnos de las distintas instituciones escolares, de todos los niveles, y visitantes particulares que a diario concurren a la reserva. En la REHM se dictan además distintos cursos de postgrado sobre manejo de fauna conservación de la biodiversidad. El manejo sustentable de los recursos naturales constituye uno de los principales objetivos de los programas que se ejecutan en la REHM, en consonancia con los objetivos planteados en la curricula de las distintas carreras que se cursan en la FCN.
Museo de Arqueología: Mediante un subsidio otorgado por la Fundación Antorchas se reacondisionó el Museo de Arqueología,. por otra parte, con el apoyo de Fundación YPF se está consolidando la difusión y salida hacia la comunidad con la Muestra permanente de Arqueología en el Centro Cultural. El importante patrimonio cultural del Museo y las actividades de investigación y extensión que realiza son ampliamente reconocidos no solo a nivel académico sino también de la propia comunidad, la cual, por la acción desplegada por ambas dependencias, está comenzando a tomar real de la importancia que tiene el rescate y valorización de las culturas que poblaron el noroeste argentino. La ación desplegada por el Instituto de Arqueología, al que se le sumó en los últimos años el Instituto Interdisciplinario de Estudios Andinos (INTERDEA), a sobrepasado largamente los límites nacionales para insertarse de lleno en el plano internacional, a través de la firma de diversos convenios para la realización de tareas de investigación y extensión.
Instituto Miguel Lillo: Con sus colecciones de animales, plantas, piezas paleontológicas, rocas y minerales, constituyen juntas con las de la FML un sitio de referencia mundial para todos aquellos investigadores dedicados al estudio de las Ciencias Naturales.

ENSEÑANZA
En la FCN se cursan en total cinco carreras de grado: Licenciatura en Ciencias Biológicas y Profesorado en Ciencias Biológicas (plan 2000, Resoluciones HCS N° 2060/99 y 2062/99), Geología (plan 1974); Arqueología y Técnico Universitario en Documentación y Museología Arqueológica (plan 1998, Resolución Ministerial N° 11227/99). Con excepción de la carrera de Geología que se encuentra en plena etapa de reformulación de su plan de estudios, la FCN es una de las pocas Unidades Académicas de toda la UNT que dispone de planes de estudios actualizados, acordes a las demandas que exige la sociedad en cuanto a la formación como a la preparación de los futuros profesionales; todo ello en vista a la tan mentada integración regional (MERCOSUR).

ADMINISTRACIÓN Y SERVICIOS
La FCN y la Fundación Miguel Lillo interactuan fuertemente en el aprovechamiento de la infraestructura y los servicios de apoyo a la investigación que brindan ambas instituciones. Los investigadores se ven así beneficiados con las bibliotecas existentes en la FCN y en la FML que entre ambas, reúnen cerca de 130000 libros y aproximadamente 3000 títulos de revistas periódicas especializadas. Sin embargo, dadas las restricciones presupuestarias existentes muchas de las colecciones se hallan en forma incompleta y con volúmenes discontinuados. La FCN ofrece al cuerpo docente y alumnos un local con terminales de INTERNET, de libre acceso y gratuitas, para realizar consultas de interés de lunes a viernes en horario matutino y vespertino.

POLÍTICA INSTITUCIONAL
Dentro de su política de apertura al medio la FCN, con la creación de la Comisión permanente para la difusión de las carreras ha logrado un contacto y una presencia continua en los diferentes medios de comunicación y en los colegios y asociaciones involucrados en las tareas de orientación vocacional. En ese sentido en un esfuerzo conjunto con el Centro de Orientación Vocacional de la UNT, se tuvo activa participación en las jornadas destinadas a estudiantes secundarios realizadas en el Centro Cultural de la UNT y las realizadas en el Centro Cultural de la ciudad de Aguilares. Por otra parte, se firmaron convenios con diversos colegios secundarios a fin de posibilitar pasantías no rentadas de alumnos en cátedras y/o institutos de la Facultad. Se asesoró a alumnos en tareas de investigación dentro de las actividades que para dicha área tienen establecido los colegios secundarios. En el marco de la extensión, alumnos de las carreras de geología y arqueología de la FCN, realizaron pasantías rentadas en empresas privadas y equipos de investigación. Como un modo de inserción en la política educativa global, las autoridades de la FCN o sus representantes tuvieron activa participación en distintas reuniones de trabajo tanto nacionales como internacionales, donde se trataron temas relativos a las distintas carreras que se dictan en la FCN. Así se participó en las reuniones de la AIFEB (Asociación Iberolatinoamericana de Facultades y Escuelas de Biología), AFAG (Asociación de Facultades de Geología), CAPEG (Comité Asesor Permanente para el Ejercicio de la Geología) y CIPEB, (Consejo Interuniversitario para la Enseñanza Superior de las Ciencias Biológicas), en ellas se pudo establecer pautas de trabajo y políticas comunes en materia de planes de estudio, incumbencias y libre ejercicio de la profesión.

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